イベリア半島西南部をしめるポルトガルとその他の大半を占めるスペインの両国は、大航海時代を通じて交易圏の拡大を競ってきた。１６世紀の後半に入ると、ポルトガルの衰退が始まり、スペインがその併合を狙うようになり、ポルトガル王セバスティアンがモロッコ遠征に失敗して戦死し、王朝が断絶した１５８０年に、スペインのフェリペ２世が王位継承権を主張して軍隊を派遣、威圧のもとで併合した。これによってスペインはイベリア半島全域を支配し、しかもポルトガルの海外領土も手に入れたので、その領土は全世界に及び、まさに「太陽の沈まぬ国」となった。

同君連合の形式

　１５８０年に実現したスペインによるポルトガル併合は、フェリペ２世がポルトガル王位を兼ねるという同君連合の形をとり、ポルトガルという国家が消滅したのではなく、その国家機構は残り、一定の自治も認められていた。ポルトガル側には国王セバスティアンの無謀な戦争（モロッコ遠征）で出費が増え、捕虜の身代金も多額に上り、困窮していた貴族はスペインとの併合を望み、インド交易の後退で衰退していた大商人はスペイン領の新大陸の銀を手にいれることと、イギリス・フランスの海賊船に対するスペイン艦隊の保護を求めて、スペイン王の国王として戴くことを受け容れたのである。
　スペイン王フェリペ２世は、ポルトガル王フィリペ１世として即位するに当たり次の条件を認めた。＜金七紀男『ポルトガル史』彩流社　p.123＞

1. ポルトガル王国の伝統的な自由・特権・法律・慣習を尊重し、国会（コルテス）も存続する。
2. ポルトガル総督ないし副王はポルトガル人とする。
3. 行政・司法などの官僚機構および軍隊はポルトガル人で運営される。
4. ポルトガル領植民地における商業はポルトガル人のみに許される。
5. ポルトガル・スペインの国境税関は廃止される。
6. ポルトガル語は引き続き公用語として、通貨もそのまま認められる。

　このように、ポルトガル側から見れば、この併合（同君連合）は専ら経済的効果を期待してのものであったことが判る。大きな民族的抵抗もなく進められた併合であったが、ポルトガル人ではない国王を戴くことに次第に違和感を感じる心情が強くなったようで、アルカセル＝キビールの戦いで「行方不明」になったセバスティアン国王が生還してスペインの軛（くびき）から解放してくれるという信仰（セバスティアニズモ）が次第に民衆の心を捉えるようになり、反スペイン暴動も起こるようになった。この状態は １６４０年にポルトガルが反乱を起こして独立を回復するまで約６０年間続く。　→　ポルトガルの独立回復

フェリペ２世の野心

　１６世紀後半にはいるとポルトガルの富は、西ヨーロッパに流出し、国力は衰退が始まっていた。スペインもカルロス１世（神聖ローマ皇帝カール５世）はフランスとの抗争、宗教改革、オスマン帝国のウィーン包囲などに直面し、財政は困窮していた。次のフェリペ２世（スペイン＝ハプスブルク家）もオランダ独立戦争が始まり、国力の回復の必要に迫られていた。そこでフェリペ２世はポルトガル王となったセバスチャンの母がスペイン王家出身であることを足がかりに、ポルトガルの併合を策した。

ポルトガル王の失政

　ポルトガルのアヴィス朝は１５５７年にジョアン３世が没し、セバスチャンが王位を継承したが幼少であったため前王の王妃カタリーナが摂政となった。王妃はスペイン王カルロス１世の妹であったことから、スペインの影響力が強まった。６８年、セバスチャンは親政を開始するが、イエズス会の強い影響のもとで育った王は政治に関心を示さず、時代錯誤的な十字軍派遣の妄想にとりつかれ、北アフリカ征服を夢見ていた。１５７８年、北アフリカのモロッコでオスマン帝国軍の支援をえた叔父のムレイ・アブデルマルクによって王位を剥奪されたムレイ・ムハマッドがポルトガル王に援助を求めてきた。２４歳のポルトガル王セバスティアンは７月１４日、６０００人の外国人傭兵を含む１万７０００の大軍を率いて出陣、８月４日のアルカセル・キビールの戦いで対戦したが、稚拙な戦法が禍して敗れ、戦死してしまった。＜金七紀男『ポルトガル史』彩流社　p.116＞
※ポルトガルがスペインに併合される要因の一つがモロッコとの戦いに敗れたことであることに注意しておこう。なおこの頃のモロッコはサード朝が勃興した時期である。

フェリペ２世のポルトガル王位継承

　王位は叔父のエンリケが継いだが、これも老人で１年足らずで死亡し、ここにポルトガル王室のアヴィス朝が断絶した。１５８０年にフェリペ２世は王位継承権を主張してポルトガルに乗り込み、１５８１年、コルテス（身分制議会）で即位を認めさせ、ポルトガル王フェリペ（ポルトガル語ではフィリペ）１世となった。一部で反対する民衆が蜂起し、王族の一人を擁立して戦ったが、簡単に破られ、それ以外の組織的な抵抗はなかった。フェリペ２世は、ポルトガルに一定の自治権を与える一方、国境関税やポルトガル王室の財政負担が無くなったことは商人層をよろこばせた。こうしてスペインのフェリペ２世はポルトガルの本土と海外領土を合わせ、まさに「太陽の沈まぬ帝国」となった。以後、ポルトガルではフェリペ２世・３世と続き、フェリペ（フィリペ）王朝という場合もある。

オランダ独立戦争との関係

　しかし、この間、オランダは実質的な独立を達成し、またイギリスもエリザベス女王のもとで海外発展をとげ、その大帝国の維持は次第に困難になっていった。旧ポルトガルの海外領土も、ホルムズ、セイロン島、マラッカ、モルッカなどが次々とオランダに奪われていく。　→　スペインの衰退
　スペインがポルトガルを併合したとき、スペインと同じようにポルトガルにおいてもユダヤ教徒追放令を出した。ユダヤ人は新教徒が独立運動を展開していたネーデルラントのアムステルダムに移住した。かれらはダイヤモンド加工なのの職人であったので、これを機にアムステルダムの商工業が発展することとなった。
　またスペインは独立運動を妨害するために、オランダ船のリスボンへの寄港を禁止したが、そのためかえってアムステルダムのオランダ商人が独自で海外に進出していく契機となった。オランダは１６０２年には東インド会社、１６２１年に西インド会社を設立してポルトガル領で盛んに略奪を行い、ポルトガル商人を駆逐していった。